北京中医药大学学报杂志是由中华人民共和国新闻出版总署、正式批准公开发行的优秀期刊，《北京中医药大学学报》（月刊）创刊于1959年，本报系中央级的高级中医药学术刊物，由北京中医药大学主办。《北京中医药大学学报》现分别属于中国自然科学核心期刊、中国中文核心期刊、全国中医药优秀期刊、全国优秀科技期刊、中国科学引文数据库首批入选的315种期刊之一、北京高校自然科学学报系统及全国高等医药学院校学报系统优秀学报等。主要反映中医药研究的新成果、新成就、新动态，贯彻“双百方针”，活跃学术空气，促进中医药学术发展。《北京中医药大学学报》被北大1992版核心期刊、北大1996版核心期刊、北大2000版核心期刊、北大2004版核心期刊、北大2008版核心期刊收录。是1989年获全国高等医药学院校学报编辑质量优秀学报一等奖；1990年获北京高等学校自然科学学报优秀编辑质量一等奖；1995年获北京市高校系统自然科学学报优秀学报一等奖、全国中医药科技期刊一等奖（99）、全国高校学报优秀科技期刊（A类）二等奖（04）。